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《條例》明確，生態保護補償應遵循政府主導、企業和社會參與、市場化運作、可持續的原則。縣級以上人民政府通過財政轉移支付等方式，對森林、濕地、海洋、漁業、耕地等重點領域和國家公園等重點生態區域內承擔生態保護責任的有關單位和個人按照規定給予補償。在規定的補償范圍之外，市、縣、自治縣人民政府可根據本地區生態功能定位、本級財力狀況等因素擴大生態保護補償范圍和提高補償標準。《條例》分別對森林、濕地、海洋、漁業、耕地等重點領域設置了專門條款，進一步細化和完善了重要生態系統的補償政策，并對各領域生態保護補償范圍、主體、考量因素、主管部門責任以及激勵與約束機制作了詳細規定。《條例》特別設置了海洋生態保護補償條款，將海灣、河流入海口、海島、灘涂等重點海洋生態系統納入補償范圍，同時以列舉的方式，明確了國家公園等生態保護補償重點生態區域。
《條例》提出，在政府主導型生態保護補償基礎上，采取區域間合作、市場交易等多元補償方式。一方面，鼓勵生態受益地區與生態保護地區通過簽訂生態保護補償協議，開展橫向生態保護補償活動。另一方面，推動建立市場化生態保護補償機制，逐步推進市場化交易補償。包括建立綠色產品標識、綠色金融、綠色采購等激勵機制，促進生態產品價值實現；推進海南省水資源使用權確權工作，鼓勵水權人通過節約使用水資源有償轉讓相應取水權，獲得相應補償；探索碳排放權交易補償模式，逐步構建以碳排放權抵消機制為核心的交易機制等。《條例》按照《海南自由貿易港建設總體方案》中關于生態保護補償機制建設的要求，確立企業社會參與的基本原則，并在進一步明確各級政府及其相關部門在生態保護補償方面的職責、嚴格規范政府行為的基礎上，貫徹環境共治理念，注重引導、發揮社會主體參與生態保護補償的重要作用。《條例》提出，鼓勵社會主體主動開展海洋生態保護活動，鼓勵社會力量參與生態保護補償活動等。
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